大雄宝殿在1904年兴建，落成于1907年，是双林寺的正殿，位于中轴线的第二进, 乃全寺最为雄伟的建筑。

 殿内供奉三方佛，中间供奉释迦牟尼佛，是娑婆世界教主。佛陀出生帝王之家，姓乔达摩，名悉达多， 领悟人生病苦、 无常， 起悲悯心，29岁出家修道，35岁在菩提树下成佛，弘法45岁，80岁示寂。东边供奉东方琉璃世界教主—药师如来； 西边供奉西方极乐世界教主—阿弥陀佛。 立于释迦牟尼佛左右两侧的分别是佛陀十大弟子中头陀第一的大迦叶尊者和多闻第一的阿难陀尊者。

 三方佛的上面有三个华丽的藻井，象征着佛陀的华盖。大殿外观采用歇山重檐屋顶，檐下的莲花吊筒和花篮吊筒，是百年的木雕精品。殿内多达26根柱子，有的高达10米。大殿展现福州和泉州两地建筑风格，当年两派匠师各现本领，融合无间，是我国最具移民特色的代表之一。